吉林市儿童医院是吉林地区唯一一所集医疗、教学、科研为一体的二级甲等综合性儿童专科医院，吉林市新生儿救治中心，吉林市儿内科质量控制中心，吉林市儿科医联体核心医院，国家、省、市脑瘫定点医院，国家、省、市孤独症定点医院，吉林地区唯一专业诊治儿童重大感染性疾病的定点医院，吉林市新农合、城镇医疗定点医院，承担了全国流感样病例、省食源性疾病、市级痢疾的哨点检测工作、吉林市市级残疾人的治理测评工作，担负着吉林地区18周岁以下约六十万儿童的预防、医疗、保健任务，危急重患儿的医疗救护工作，残疾儿童预防康复工作及儿童感染性疾病的诊疗、隔离及救治任务。